KSeF od 1 lutego 2026: co muszą zrobić lekarze i lekarze dentyści

• KSeF stanie się obowiązkowy od 1 lutego 2026 r., szczegółowe terminy wdrożenia tego obowiązku zależą od obrotu firmy i rodzaju podatnika VAT
• Gabinety lecznicze, lekarze i lekarzy dentyści nie muszą wystawiać faktur dla pacjentów (B2C) w KSeF, ale faktury dla NFZ i w relacjach B2B - co do zasady - podlegają nowemu obowiązkowi
• Komisja Stomatologiczna ORL w Katowicach opracowała checklistę działań przed lutym 2026 r.
• Wyjaśnienia co do stosowania KSeF dla lekarzy i lekarzy dentystów przygotowało Ministerstwo Finansów 

KSeF od 1 lutego 2026 r.: kogo obejmie obowiązek

1 lutego 2026 r. wchodzi w życie obowiązek korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF).

Komisja Stomatologiczna ORL w Katowicach, we współpracy z Zespołem Radców Prawnych, opracowała najważniejsze informacje dla lekarzy i lekarzy dentystów.

Każdy podmiot prowadzący działalność gospodarczą – od jednoosobowej działalności gospodarczej (JDG) po duże spółki – będzie musiała korzystać z KSeF, przynajmniej w zakresie odbioru faktur kosztowych (np. materiały, paliwo, media, leasing, sprzęt).

Dotyczy to także firm działających w sektorze ochrony zdrowia (zwolnionych z VAT).

Termin obowiązku wystawiania faktur dla odbiorców przez KSeF uzależniony jest od obrotu firmy i przedstawia się następująco:

• od 1 lutego 2026 r. - dla przedsiębiorców, których wartość sprzedaży wraz z VAT w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł;

• od 1 kwietnia 2026 r. - dla pozostałych przedsiębiorców VATowych i tych, którzy korzystają ze zwolnień podmiotowych lub przedmiotowych – czyli dla wszystkich przedsiębiorców, którzy wystawiają faktury VAT;

• od 1 stycznia 2027 r. - dla najmniejszych przedsiębiorców – tych, których całkowita sprzedaż fakturowana (fakturami VAT) miesięcznie jest poniżej 10 tys. zł brutto

Kto nie musi wystawiać faktur przez KSeF

Zwolnienia obejmują firmy prowadzące podmioty wykonujące działalność leczniczą faktury wystawiane na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej (pacjenci) nie podlegają obowiązkowi wystawiania ich przez KSeF.

W takich przypadkach faktury mogą być wystawiane w formie papierowej lub elektronicznej poza systemem KSeF.

Decyzja o tym czy faktura na rzecz pacjentów będzie wystawiona w KSeF  jest dobrowolna i zależy od woli wystawcy faktury.

Jakie faktury podlegają obowiązkowi wystawiania przez KSeF:

• faktury wystawiane na rzecz NFZ;
• faktury wystawiane przez lekarzy w ramach umów kontraktowych B2B;
• faktury wystawiane na rzecz innych podmiotów (B2B) za świadczone usługi

Checklista przed lutym 2026: dostęp, uprawnienia i testy KSeF 2.0

Kroki, które należy wykonać przed lutym 2026 r.

• Dostępna jest aplikacja KSeF 2.0, na której można testować działanie systemu.
• Zalogować się do KSeF przez Profil Zaufany, podpis kwalifikowany, e-dowód - w przypadku JDG.
• Zarząd lub wspólnicy spółki muszą wyznaczyć osoby odpowiedzialne za dostęp do KSeF – złożyć druk ZAW-FA do właściwego urzędu skarbowego.
• Nadać uprawnienia biuru rachunkowemu (jeśli prowadzona jest KPiR z księgową).
• Zweryfikować czy w umowach o wystawianie faktur (tzw. umowach o samofakturowanie) nadano upoważnienia i jest wskazany podmiot, który jest odpowiedzialny za wysłanie faktury do KSeF
• Po 1 lutego 2026 r. regularnie pobierać faktury i ewentualnie wystawiać faktury z systemu.

Dla małych firm obsługa nowych faktur może odbywać się wyłącznie przez aplikację udostępnioną przez MF (nie trzeba korzystać z komercyjnego oprogramowania).

Wyjaśnienia ministra finansów w sprawie stosowania KSeF

Odnosząc się do wątpliwości czy w każdej sytuacji lekarz lub lekarz dentysta będzie miał obowiązek wystawiania faktur poprzez KSeF, czy zastosowanie znajdzie może zwolnienie wynikające z art. 106b ust. 2 ustawy o VAT1 - Jarosław Neneman, podsekretarz stanu w Ministerstwie Finansów wyjaśnił:

Obligatoryjne e-fakturowanie obejmie czynności, które obecnie wymagają udokumentowania fakturą wystawioną zgodnie z ustawą o VAT.

Będą to czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT w Polsce, w tym krajowe dostawy towarów i świadczenie usług dokonywane pomiędzy przedsiębiorcami (B2B) i na rzecz organów publicznych (B2G).

Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych (w KSeF), zwanych dalej „e-fakturami”, dotyczyć ma podatników wykonujących czynności objęte wymogiem fakturowania według polskich regulacji VAT, którzy posiadają siedzibę lub stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce (w tym drugim przypadku, gdy to stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej uczestniczy w dostawie towarów lub w świadczeniu usług).

Fakultatywna możliwość wystawiania e-faktur

W zakresie KSeF dopuszcza się fakultatywną możliwość wystawiania e-faktur dla nabywców będących osobami fizycznymi nieprowadzącymi działalności gospodarczej – konsumentów (B2C).

To podatnik – wystawca faktury dla konsumenta – będzie decydował, czy wystawia fakturę przy użyciu KSeF, czy decyduje się na wystawienie faktury na dotychczasowych zasadach poza KSeF.

Jednakże - tak jak dotychczas - samo wystawienie faktury na rzecz konsumenta będzie wymagało uprzedniego zgłoszenia żądania wystawienia takiego dokumentu przez nabywcę (art. 106b ust. 3 ustawy o VAT).

Jeśli podatnik zdecyduje się na wystawienie takiej faktury w KSeF, to będzie zobowiązany wydać konsumentowi e fakturę poza KSeF (zgodnie z art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT), jak również zapewnić mu odpowiedni dostęp do wystawionej faktury w KSeF, zgodnie z art. 106gb ust. 6 ustawy o VAT.

Podatnik, w tym także lekarz i lekarz dentysta, nie są zobowiązani do wystawiania faktur w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 106b ust. 2 ustawy o VAT.

W takim przypadku tzw. podatnik zwolniony nie musi wystawiać faktury, chyba że nabywca tego zażąda (art. 106b ust. 3 pkt 2 ustawy o VAT).

Wystawienie faktury na żądanie nabywcy jest wymagane, jeśli żądanie to zostało zgłoszone w ciągu trzech miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę.

A contario, jeżeli żądanie zostało zgłoszone po wskazanym terminie, wtedy
podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury. W takim przypadku, na podstawie ustawy o VAT, nie ma obowiązku udokumentowania takiej transakcji.

Jeśli podatnik będzie chciał udokumentować transakcję zwolnioną z VAT
wykonaną na rzecz innego podatnika, powinien wystawić fakturę także w
przypadku braku żądania, gdyż mowa jest o udokumentowaniu czynności
podlegającej VAT, w takim przypadku również wystąpi obowiązek wystawienia tej faktury w KSeF.

W sytuacji wystawienia faktury przez lekarza lub lekarza dentystę na rzecz podmiotu gospodarczego - mają oni obowiązek wystawienia tej faktury przy użyciu KSeF, natomiast w przypadku wystawienia faktury na żądanie na rzecz konsumenta nie ma obowiązku wystawienia tej faktury przy użyciu KSeF, jest to dobrowolne.

Wyłączenia czasowe do 31 grudnia 2026 r. i rola kas fiskalnych

Czasowo, do 31 grudnia 2026 r. z obowiązku wystawiania faktur w KSeF wyłączeni zostali:

• podatnicy, u których łączna wartość sprzedaży wraz z podatkiem
  udokumentowana tymi fakturami w danym miesiącu będzie mniejsza lub
  równa 10 tys. zł;
• podatnicy w zakresie wystawianych przez nich faktur przy użyciu kas rejestrujących, w tym paragonów fiskalnych z NIP nabywcy do 450 zł uznanych za faktury.

Świadczenie usług opieki medycznej przez lekarzy i lekarzy dentystów na rzecz osób fizycznych niebędących podatnikami, co do zasady, jest objęte obowiązkiem prowadzenia ewidencji przy zastosowaniu kas rejestrujących, a dokumentem potwierdzającym wykonanie takiej usługi jest paragon fiskalny.